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不合格论文的另一类问题是具体研究方法的运用和对研究过程的描述存在问题，导致研究结论不可靠。 例如一篇管理科学与工程论文称采用某个计算模型“是为了有效回避最小二乘法导致的参数估计偏离，但论文中没有看到是用什么具体方法克服这点的，没有任何分析但后面仍然得到了计算结果”。 再如一篇体育学博士论文对于所采用的访谈研究法的描述“极不规范”，“没有具体列出访谈专家的信息，让人们对访谈研究的真实性产生质疑”。 另一篇教育学论文所采用的个案研究、访谈法、观察法等“获取研究资料的客观性不够强、时间不够明确、研究对象的数量前后表述不一致、获取的观察资料不够具体”。
在本次学位论文抽检中，论文规范性欠缺是“不合格论文”存在的第二大问题，占比为29%。 这一问题在自然科学类学位论文中更为突出。 格式规范主要指论文的摘要、关键词、目录、正文、参考文献等格式的规范。
作者科研能力不足，是“不合格论文”中存在的最严重的问题，占比为38%。 从学科门类来看，这一问题在人文社科类论文中比自然科学类论文更为严重。 文不对题。 即论述不能很好地切合论题，甚至跑题、偏题。
即论文论证缺乏严密性，论述单薄，没有根据论题进行充分论述与阐释；存在逻辑上的缺陷或逻辑混乱，造成论文内容前后矛盾或有漏洞，致使读者无法准确把握作者的研究思路和研究过程，研究结论的可靠性也将受到质疑。 理论性或研究深度不足。 即论文在论述过程中，没有对论题的理论基础进行必要的分析介绍，理论基础薄弱；缺乏理论框架，使论述显得凌乱；论文的研究不够深入，没有对深层次的研究问题进行探究和解答，理论深度不够和缺乏学术性。