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毕业论文的目录部分不会算到论文整体的重复率中，paperpp查重系统能自动识别出该部分内容，所以在查重论文的时候目录部分是可以直接放到word文档中的。
如果提交查重的论文中缺少目录，可能会因为论文结构上的不完整导致查重结果不正确。
论文目录被查重标红了怎么办？
操作步骤如下1通过首页“个人用户”按钮进入提交文献检测页面您可以在这里直接上传原文文档进行检测，也可以展开输入框直接粘贴待检测内容2上传成功后即可看到检测记录及相似度，登录账号支付费用后可查看到检测报告。
这样就不会在学校的查重上留下痕迹了所以一定要学会灵活运用，但是一般的学校或者期刊出版社都不会苛刻到不能提前进行查重，所以留不留下痕迹也就无伤大雅了。