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论文查重需要把参考文献放进去，其目的有三即：为了能反映出真实的科学依据；为了体现严肃的科学态度，分清是自己的观点或成果还是别人的观点或成果；为了对前人的科学成果表示尊重，同时也是为了指明引用资料出处，便于检索。
简单来说，按照学校要求的大纲架构和参考文献引用规范（GB/T-7714）去写论文，知网都能识别出参考文献部分，并在查重时自动剔除。 不仅是参考文献部分，诸如论文封面、目录、成果清单等内容也是不在查重范围内的。 而且，在查重报告中， 不纳入查重范围的参考文献、目录等内容都会以灰色字体显示，而正文则以黑色字体显示。 通过这点，也可以帮助我们判断知网是否成功识别了参考文献等无需查重的内容。 那么，有人可能会说： 干脆在查重前把参考文献部分删除不就行了吗？ 如果你自己掏钱购买的查重服务，确实可以考虑这么做。 但是像我所在的浙江大学，学校为学生购买了知网查重服务，并集成到研究生管理系统了，而且， 用于查重的论文版本也是最终送审的版本 。
论文参考文献手动输入对查重影响大吗？ 影响很大，手动输入系统识别不出来的。 只能通过正确的引用方法才能让系统识别出来，不然你引用的地方都会被标红。 首先引用之前要保证几点要求：1、参考文献出自 知网 、万方、维普这类网站，就是你的参考文献出处和你的查重是一个最好，不然可能库里没有，那就查不到。
对于论文参与查重的部分而言，基本上所有内容都要进行查重（不排除所谓的引用）。 很多学生认为，论文写作过程中只要把从参考文献复制粘贴的内容加上参考引用（即右上角的标记）便可以避免被查重，对于这种情况，我只能很严肃地说，这种所谓的方法简直是无稽之谈，没有任何作用。