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引用不是照搬照抄，而是一种学术理论的借鉴，可以引用别人的句子，但是整体的理解要用自己的语言去解读。 引用只是为了证明自己的论点，但不能把别人的理论照搬过来，否则就会直接淘汰的，所以查重和引用其实是不冲突的。
间接引用 就是说，你在粘贴别人论文的时候自己进行了修改和解释。 这样子的话，如果你只是部分修改提交检测的话，很有可能被知网识别为抄袭而标注不成绿色，不能识别为引用。 这样子的情况就需要你对抄袭的部分进行完全诊断，修改，保证和原文不重复。
查重的目的是防止大段抄袭他人的论文。 这两者在基于实验/案例的论文中还是不容易冲突的（因为实验都要自己做，案例大都也要自己分析）。 比较类的论文我倒没写过，不过我猜应该重点会是为什么各个论文作者会有不同的观点吧。
不矛盾，正确的引用是不会算作重复的。 只有那种大篇幅引用以及没有正确标注引用才会飘红计入重复率里。 有一点要注意，如果是引用的话，在引用标号后，不要轻易使用句号，如果写了句号，句号后面的就是剽窃了，尽管自已认为是引用，所以，引用没有结束前，尽量使用分号。