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学术不端行为责任人获得有关部门、机构设立的相关科研项目、学术奖励或者荣誉称号等利益的，学校根据关联情况向相关主管部门提出处理建议。 学生有学术不端行为的，按照学生管理的相关规定给予相应的学籍处分。 学术不端行为与获得学位有直接关联的，由学位授予单位作暂缓授予学位、不授予学位或者依法撤销学位等处理。
2021年3月31日，国家自然科学基金委员会公布了2021年学术不端行为案件处理决定。 此次共通报了七个案例，涉及到华北电力大学、青岛大学、上海大学、中国医科大学、南京医科大学、海南医学院等多所高校的教师，处罚原因有数据造假、抄袭剽窃、图片造假、重复发表、署名不实、虚构同行评议意见、论文存在代写代投、擅标他人基金项目号等。 2021年5月13日至22日，美国生物化学和分子生物学学会旗下期刊《生物化学杂志》（ Journal of Biological Chemistry, JBC ） 陆续撤下了中国工程院院士、生物医学家曹雪涛名下的12篇论文。 根据 JBC 的撤稿声明，这12篇论文均由作者发起撤回，绝大多数被期刊认为存在一图多用或图像操纵问题。
第十三条 对学术不端行为的举报，一般应当以书面方式实名提出，并符合下列条件：. （一）有明确的举报对象；. （二）有实施学术不端行为的事实；. （三）有客观的证据材料或者查证线索。. 以匿名方式举报，但事实清楚、证据充分或者线索明确的，高等学校应当视情况予以受理。. 第十四条 高等学校对媒体公开报道、其他学术机构或者社会组织主动披露的涉及本校人员的学术不端行为，应当依据职权，主动进行调查处理。. 第十五条 高等学校受理机构认为举报材料符合条件的，应当及时作出受理决定，并通知举报人。. 不予受理的，应当书面说明理由。. 第十六条 学术不端行为举报受理后，应当交由学校学术委员会按照相关程序组织开展调查。.
2003年12月17日2003～2004学年度第7次校务会议通过的《清华大学关于处理学术不端行为的暂行办法（试行）》同时废止。 学校此前有关规定与本办法不一致的，以本办法为准。