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现在已知的查重系统中，只有知网查重系统有“去除本人已发表的论文”的选项，只要在论文查重时，勾选其选项的话，检测系统就会自动排除出来。 但是值得注意的是，只有“中国知网”才有，其他的检测系统还没有开发出其功能，而且，有的学校也不认可，在研究生论文中引用自己已发表的论文。
因此，绝大部分的SCI 期刊基本对投稿后的论文都会进行查重。 其查重方式主要是将稿件的字句或公式与数据库中的论文进行对比，对比之后，系统h会自动生成一个查重报告。 一般连续3 —5个单词一样 ，便会算做重复。 经过Cross Check查重后的文章几乎都会被检测到一定的相似性，但不意味着文章一定会被怀疑抄袭。
期刊论文是需要进行检测的，一般期刊文献会采用知网、维普、万方这三个论文查重系统中的一个进行论文查重，其他使用哪个论文查重系统，需要看出版机构的规定，不能盲目对查重系统进行使用。
对于国内SCI期刊来说，论文总重复率不得超过15%；核心期刊对重复率检测的标准更为严格一些，大部分核心期刊查重率要求不高于10%，也有一些是不高于5%；而一般的普刊大部分要求不超过25%或是30%即可。 期刊对论文的原创水平和学术含量都有其相应的要求标准。