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申请保密的论文通常有两个方面，一是涉及专利保护，二是涉及国家机密或能源项目。 保密的侧重点在于不能上传，不做公开使用，但它首先得是一篇合格的论文，而查重是论文通过的第一关口。 所以，申请保密的论文也是要查重的，正规查重系统不会泄露你的论文细节和个人信息，放心吧。
保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
参与保密的论文，通常是有一个保密周期，默认情况下是两年。 但是，两年之后，如果中国学术或者是自己所在学校，没有来申请公开，那么默认情况下也就不再进行学术检索收录。 所以，我们经常会发现，诸如清华、北大、国防科大等一些高精尖学科的毕业论文，在中国学术是检索不到的。 当然这部分涉及保密的论文，默认情况下也不作为学术查重的比对数据库内容。 但是，大家需要注意的一点是，某些高校或者某些高校所在的学院，如果本校毕业生涉密论文很多，那么这些学校会有“自建库”，即我们在学术查重系统数据库中见到的“个人比对库”，如下图1所示。